舟山航海學校創辦于1990年7月，由董建華先生提議，舟山市人民政府舉辦，以舟山水產學校船舶駕駛專業和輪機管理專業為主創辦。2004年，舟山航海學校同定海職業中學、東海學院——舟山廣播電視大學合并組建浙江國際海運職業技術學院。2011年，恢復建制，獨立辦學，委托浙江國際海運職業技術學院管理。2015年，劃歸舟山市教育局管轄。

目前，學校占地87畝，建筑面積2.9萬㎡，現有教職工137名，在校生近1200人。多年來，學校堅持與時俱進、開拓創新，斬獲多項殊榮：浙江省一級中等職業學校，浙江省中等職業教育改革示范學校，全省34所課程改革試點學校之一，省示范性實訓基地，省級中職教育德育工作實驗基地，全國國防教育特色學校。