昌平衛校始建于1973年。1986年經北京市政府批準、投資，單獨建立校址，正式成為北京市中等專業學校之一，辦學規模為640人。昌平衛校經過不斷地發展擴大，現已成為集普通中專、成人大、中專教育和昌平區在職醫務人員繼續教育基地為一體的中等職業學校。 根據北京市政府2005年制定的中大力發職業教育、建設社會主義新農村、把發展社區及農村醫療衛生工作作為今后發展的重點的指示精神，昌平衛校自2006年以來，徹底整頓校園秩序，提升現代化管理的能力，整治校園環境，完善基礎設施建設，借以適應新時期的要求。

根據北京市政府2005年制定的《北京市2005-2010五年發展規劃》中大力發職業教育、建設社會主義新農村、把發展社區及農村醫療衛生工作作為今后發展的重點的指示精神，昌平衛校作為北京市僅被保留的五所中專衛護校之一，任務光榮而艱巨。昌平衛校自2006年以來，在新任校長鄧書林同志的帶領下，相繼進行了領導班子的調整、人事制度改革，徹底整頓校園秩序，提升現代化管理的能力，整治校園環境，完善基礎設施建設，借以適應新時期的要求。