湖南醫藥職業中等專業學校創辦于1994年，是經湖南省教育廳、湖南省衛生廳、湖南省中醫藥管理局和長沙市教育局批準成立的全日制醫藥衛生類民辦中等職業學校。在2002年與2003年，學校先后順利通過了湖南省教育廳組織的教學評估和合格學校評估。2006年按照屬地管理原則，學校歸口至長沙市教育局管理。2009年在長沙市人民政府教育督導室組織的辦學水平督導評估中被評定為優秀等級。2015在長沙市教育工會的支持下成立了學校工會委員會，2017年被長沙市教育局評為“長沙市骨干民辦學校”。2018年被長沙市教育局關工委作為關心下一代工作試點單位。